Prvi koraci u ustanovljavanju Fakulteta za državne i evropske studije kao institucije visokog obrazovanja napravljeni su još 2002. godine, kada se javila potreba za osnivanjem posebne ustanove koja bi pripremom profesionalnog kadra za rad u državnim organima i organizacijama uklonila nedostatke koje je Crna Gora imala u tom trenutku u pogledu administrativnih kapaciteta, a koji ni danas nijesu u potpunosti uklonjeni, iako prepoznati kao nedostatak u procesu integrisanja naše države u strukture Evropske unije.
Proces priprema za osnivanje FDES-a priveden je kraju tri godine kasnije, kada je 29. marta 2005. godine sklopljen Ugovor o osnivanju ustanove visokog obrazovanja FDES.
Godinu dana kasnije, na osnovu Zakona o visokom obrazovanju stvoreni su uslovi za upis prve generacije studenata, kada je Savjet za visoko obrazovanje u martu mjesecu izdao Sertifikat o početnoj akreditaciji broj 05-1/5-149, a Ministarstvo prosvjete i nauke Republike Crne Gore 24. maja 2006. godine izdalo Rješenje broj 05-1/5-922, kojim je dodijeljena licenca za rad FDES-u za programe:
- Akademski dodiplomski studijski program državnih i evropskih studija;
- Akademski postdiplomski magistarski program državnih studija;
- Akademski postdiplomski magistarski program evropskih studija.
Navedene studijske programe FDES je reakreditovao 15. juna 2009. godine, kada je Savjet za visoko obrazovanje donio Odluku broj 05-1/5-882 kojom je odobreno izdavanje Sertifikata o reakreditaciji Fakulteta, čime su se stekli uslovi da FDES ove studijske programe realizuje i u narednih pet godina.
Prepoznajući trendove koji su pratili visoko obrazovanje, ali i potrebe tržišta rada, FDES je podnio zahtjev Ministarstvu prosvjete i sporta za realizaciju studijskih programa specijalističkih studija, koji bi podrazumijevao dvosemestralni nastavak studija nakon završetka osnovnih studija i sticanje zvanja specijaliste. Za akreditaciju programa specijalističkih studija uslovi su stečeni 01. februara 2012. godine, kada Ministarstvo prosvjete i sporta donosi Rješenje broj 07/680 o dopuni licence za rad FDES-u za organizovanje programa:
- Akademski postdiplomski specijalistički program državnih studija;
- Akademski postdiplomski specijalistički program evropskih studija.
Osim licenci za organizovanje i realizovanje studijskih programa na osnovnim, specijalističkim i magistarskim studijama, stvorena je i kvalitetna platforma za naučno istraživački rad u oblasti javnog i međunarodnog prava, pa je Ministarstvo nauke 23. novembra 2011. godine na zahtjev FDES-a izdalo Rješenje broj 01-1735/4 kojim se FDES-u daje licenca za naučno istaraživački rad i samim tim FDES biva prepoznat kao naučno istraživačka ustanova visokog obrazovanja.
U skladu sa potrebama za razvoj cjeloživotnog obrazovanja u Crnoj Gori, FDES je dao doprinos kroz razvoj šest programa u oblastima u kojima je kao društveno odgovorna visoko obrazovna ustanova dužna djelovati. O kvalitetu tih i potrebi tih programa za naše društvo u cjelini Nacionalni savjet za obrazovanje Crne Gore je 26. juna 2013. godine donio:
- Odluku broj 16-3303 kojom se utvrđuje važnost Programa obrazovanja za sticanje znanja i vještina iz oblasti Liderstva;
- Odluku broj 16-3302, kojom se utvrđuje važnost Programa obrazovanja za sticanje znanja i vještina iz oblasti Retorike;
- Odluku broj 16-3306, kojom se utvrđuje važnost Programa obrazovanja za sticanje znanja i vještina iz oblasti Upravno sudskih postupaka;
- Odluku broj 16-3305, kojom se utvrđuje važnost Programa obrazovanja za sticanje znanja i vještina iz oblasti Inspekcijskog nadzora;
- Odluku broj 16-3304, kojom se utvrđuje važnost Programa obrazovanja za sticanje znanja i vještina iz oblasti Lokalne demokratije;
- Odluku broj 16-3301, kojom se utvrđuje važnost Programa obrazovanja za sticanje znanja iz oblasti interpersonalnih vještina.
Osim licenci dobijenih od strane Nacionalnog savjeta za obrazovanje Crne Gore, Ispitni centar Crne Gore je 22. oktobra 2013. izdao Potvrdu br. 02-4235/2 kojom Fakultet za državne i evropske studije ispunjava uslove za organizovanje provjere ključnih vještina iz oblasti informacionih tehnologija.
Takođe, Fakultet je po Ugovoru od 25. januara 2012. godine vlasnik licence ovlašćenog ECDL test centra da može vršiti testiranja kandidata, provjeru nivoa znanja u odgovarajućim modulima i izvrši ovjeru u ECDL indeksu o položenim modulima za ECDL sertifikate.